O laboratório de Ecotoxicologia, que atende aos estudantes e pesquisadores de Engenharia Química e Biologia, foi o primeiro de ensino superior a obter a Certificação de Qualidade Internacional segundo as normas da ISO 9002 (International Organization for Standardization) para a realização de testes de toxicidade de efluentes líquidos de processos industriais, em amostras de corpos aquáticos receptores.
Esse Laboratório faz análises de controle de qualidade para indústrias de Cubatão, ABCD e São Paulo. A certificação segundo as Normas ISO 9002 confere reconhecimento internacional à excelência de padrão aos serviços prestados e é expedida no Brasil pela BRTÜV, empresa credenciada para emitir certificados de Gestão de Qualidade e Gestão Ambiental pelo sistema alemão TÜVCERT.
Dentro do complexo laboratorial, destaca-se o Laboratório de Operações Unitárias, de Engenharia Química, que reproduz instalações industriais de grande porte e permite o contato com operações simuladas desde o primeiro ano.Outros laboratórios importantes : Extensiometria (avaliação de esforços e tensões nos materiais através de equipamentos de ponta) e de Metrologia; o de Cromatografia (análise através das cores); Refrigeração e Ar Condicionado; as Oficinas de Construção Civil e a de Mecânica de Fluidos, o Laboratório de Análise Instrumental e o de CAD (Projeto Auxiliado por Computador).
